Bohaterem filmu jest mężczyzna, którego dręczy obsesyjny lęk przed nożem i przymus zamordowania własnej żony. Doprowadzony na skraj szaleństwa przez nocne koszmary, poddaje się psychoanalizie.

Tajemnice duszy uchodzą za pierwszy film psychoanalityczny, a do pracy przy jego powstawaniu zaproszono Karla Abrahama i Hannsa Sachsa, uczniów Freuda, którzy mieli przybliżyć istotę procesu psychoterapii i interpretacji marzeń sennych pacjenta. G. W. Pabst, zwolennik teorii Freuda, który do współpracy pragnął pozyskać samego mistrza, w sekwencjach onirycznych spróbował zilustrować pojęcia psychoanalityczne, odwołując się do estetyk ekspresjonizmu i surrealizmu. W rolę znękanego mężczyzny wcielił się Werner Krauss, znany z tytułowej, demonicznej kreacji w filmie Gabinet doktora Caligari.